FBC Melgar fue fundado el 25 de marzo de 1915, por iniciativa de un grupo de jóvenes arequipeños reunidos en el entonces Parque Bolognesi, actualmente hoy el Parque Duhamel. Por otro lado, su rival tradicional es el FBC Aurora, con quien solía disputar el Clásico Arequipeño, además de tener rivalidades con otros clubes de Arequipa como White Star, Sportivo Huracán y FBC Piérola.
